После некоторого времени использования сервер приложений GlassFish перестает запускаться из Netbeans IDE и командной строки. Помогает удаление и пересоздание домена. Но это плохой выход, если у нас есть настроенные JDBC соединения или JMS и прочее. Вот решение:

после перезапуска серверка GlassFish из NetBeans-а иногда портится файл *\domains\domain1\config\domain.xml

NetBeans меняет в нем кодировку на ANSI. Если у вас завис процесс запуска GlassFish в NetBeans-е и в логе тишина, то нужно:

    1) вернуть кодировку файла domain.xml обратно в UTF-8 (без BOM);
    2) остановить домен вручную (ярлык "C:\Program Files\glassfish-4.0\bin\asadmin.bat" stop-domain).

После этого сервер снова начнет работать через NetBeans. (если этого не произошло, то перезапустить NetBeans)